Humedales: Soacha se caracteriza por haber sido una zona inundada, rica en pantanos y chucuas en donde los agricultores, especialmente de trigo y cebada, manejaban el recurso hídrico de una manera armónica con el entorno, utilizando canales y vallados. Después del acelerado proceso urbanístico que desecó extensas áreas de pantanos, subsisten algunas lagunas, hoy conocidas como Humedales, los cuales se encuentran entre los ecosistemas más importantes del mundo, especialmente por ser hábitat de especies acuáticas tanto de flora como de fauna; igualmente son refugio de aves migratorias provenientes de otras latitudes.


El humedal cuenta con Plan de Manejo por parte de la CAR al cual se le debe dar estricto cumplimiento, igualmente es necesario iniciar acciones en procura de su recuperación y conservación. La Alcaldía Municipal debe ejecutar las acciones policivas que indica la Ley para proteger su zona de ronda.
El sector oriental del Humedal que se encuentra dentro de la Hacienda Buenos Aires y colinda con la ronda del Humedal de Neuta es el sector más conservado del humedal y aún se encuentran allí gran cantidad de aves endémicas y migratorias.

Los diferentes tipos de hábitat que presenta el humedal como son espejos de agua, zona de juncos, plantas acuáticas, zona de ronda, playas y zonas de transición húmedo-seco, son propicios para que habite en él una gran variedad de fauna, como aves, mamíferos, anfibios, insectos y se puede decir que este pequeño ecosistema alberga toda la cadena alimenticia necesaria para su sostenimiento.
Las labores de arborización y mantenimiento que se esta realizando en la zona de ronda y el trabajo de sensibilización con las comunidades ha logrado el embellecimiento paisajístico del sector y la recuperación del hábitat para especies de aves en el humedal.
La CAR ha formulado el Plan de Manejo del Humedal Neuta, ha coordinado labores de siembra, las organizaciones comunitarias han realizado proyectos de educación, arborización y embellecimiento del Humedal, la Administración Municipal debe iniciar acciones tendientes a ejecutar el Plan y hacer campañas de educación y promoción de la riqueza ecológica del Humedal, así mismo es necesario hacer cumplir la normatividad en lo referente a los usos del suelo en zona de ronda evitando los cultivos, el uso de agroquímicos y el pastoreo, así como el uso excesivo del agua del Humedal, el cual en época de verano se ve fuertemente afectado.

Entre los Humedales de Tibanica, Neuta, San Isidro y Tierrablanca existe un corredor biótico, que gracias al estado rural que aún conserva el sector de La Chucua, utilizan las aves en su desplazamiento habitual. Para la supervivencia de los humedales sería muy importante mantener este corredor dentro del proyecto habitacional que se está proyectando en el sector.

A este humedal hasta hace menos de veinte años llegaban gran cantidad de aves migratorias, especialmente patos canadienses dado el gran cuerpo de agua que poseía y se encontraba aún pez capitán, sin embargo la cantidad de aguas servidas que recibe la han convertido en un ecosistema difícil de recuperar y de pronta intervención considerando que si se hace efectivo el acueducto de la Ciudadela Sucre, esta Laguna adquiriría otras características que el Municipio debe planificar.
El Vínculo en el predio del mismo nombre donde se realizará un proceso urbanístico, el Municipio debe asegurar su conservación considerando que este hacía parte del Humedal de Tierrablanca antes de ser construida la autopista Sur y que debe seguir manteniendo una interconexión subterránea.
San Isidro: La zona de chucuas conocidas en Soacha como Pantanos Puyana en el sector del barrio San Isidro, presentan importante diversidad de flora y fauna y se debe conservar como tal.
En la zona rural sobre la vía que va al municipio de la Mesa en la vereda de Canoas se encuentran dos Humedales en medio de fincas particulares, son ellos La Muralla y El Cajón que si bien son pequeños, albergan aves acuáticas varias de ellas endémicas, es decir propias del altiplano. Por estar ubicados en predios privados y en zona rural, su estado de conservación es bueno, aunque el sistema vial y el desarrollo planteado para el sector de Canoas exigen que se tomen medidas respecto a su protección. Así mismo existen otras lagunas en el mismo sector de Canoas que el Municipio y la CAR deben inventariar.
Río Bogotá: En su paso por Soacha con su enorme carga de contaminación afecta el paisaje, el medio ambiente y la salud de los habitantes del municipio especialmente en la comuna Uno donde sectores como Ciudad Latina ,Quintas de Santa Ana y San Nicolás sufren consecuencias por los olores generados por el Río y riesgo de inundación, así mismo el sector de El Charquito, en el Corregimiento Dos, sufre el impacto del represamiento del Río en la Represa del Muña, tanto en los momentos en el que el caudal se encuentra retenido como cuando se suelta el Río.

Los ecosistemas del Municipio toman gran relevancia al entrar en vigor tratados y convenios internacionales como el Protocolo de Kyoto, el Tratado sobre Biodiversidad Biológica, el Tratado sobre Desertización, mediante los cuales se pueden canalizar recursos importantes para el municipio.
"pensar globalmente, es actuar localmente".